Sau khi nhà Nguyên sụp đổ, đất Tạng được cai trị bởi các phái dòng tộc, độc lập khỏi các thế lực ngoại bang trong gần 400 năm [28]. Tại Trung Hoa, nhà Minh chủ trương không tiến đánh lãnh thổ của người Tạng, mặc dù họ có tuyên bố chủ quyền bằng cách thành lập các Quân ủy khu vực tại Ü-Tsang và Do-Kham vào những năm 1370. Nhà Minh giữ mối quan hệ tốt đẹp với các nhà lãnh đạo Phật giáo được gọi là các Thân vương Dharma, và cũng phong tước cho những lãnh đạo địa phương [29][30].

Các chế độ dòng tộc (1354–1642)

Phái Phagmodru (1354–1618)

Phái Phagmodru tại Nêdong ban đầu được ban cho Húc Liệt Ngột như một thái ấp vào năm 1251. Sau khi Hãn quốc Y Nhi suy yếu, gia tộc Lang đã giành quyền kiểm soát khu vực này dưới sự bảo hộ của nhà Nguyên, đại diện bởi Pönchen tại Sakya. Vào cuối thế kỷ 13 đầu thế kỷ 14, Phagmodru liên tục bị xâm phạm. Changchub Gyaltsän (1302-1364) sau khi lên nắm quyền vào năm 1322 đã tìm cách khôi phục lại đất đai. Sau những đấu tranh tuân theo luật pháp, bạo lực dần leo thang khi Phagmodru tiếp tục bị tấn công bởi những phái láng giềng vào năm 1346.

Changchub Gyaltsän bị bắt rồi được phóng thích vào năm 1347, nhưng từ chối hầu tòa và bị Pönchen tấn công vào năm 1348. Ông thành công bảo vệ Phagmodru và tiếp tục giành được các thành công về mặt quân sự, tới năm 1351, Changchub Gyaltsän đã trở thành chính trị gia hùng mạnh nhất khu vực. Các xung đột quân sự kết thúc vào năm 1354 với người chiến thắng là Changchub Gyaltsän, ông tiếp tục trị vì đất Tạng tới khi qua đời vào năm 1364. Phái Phagmodru của ông cũng nắm quyền bá chủ tại Tạng cho tới khi sụp đổ vào năm 1434 [31].

Phái Rinpung (1435–1565)

Chủ nghĩa địa phương mạnh mẽ tại nhiều thái ấp và các phe phái chính trị-tôn giáo đã dẫn tới một loạt những xung đột nội bộ kéo dài bên trong phái Phagmodru. Năm 1435, gia tộc đại thần phái Rinpung tại Tsang nổi dậy, tách khỏi chính quyền Phagmodru.

Phái Tsang (1565–1642)

Năm 1565, phái Rinpung bị lật đổ bởi phái Tsang tại Xigazê, họ đóng vai trò chủ chốt trong những sự kiện dẫn tới sự nổi lên nắm quyền của các Dalai Lama trong những năm 1640.

Chính quyền Ganden Phodrang (1642–1959)

Các Dalai Dama tiền nhiệm

Sự nổi lên của các Dalai Lama có liên hệ mật thiết tới sức mạnh quân sự của các bộ lạc Mông Cổ. Hãn Altan của bộ tộc Tümed đã mời nhà lãnh đạo của phái Gelug là Dalai Lama thứ 3, Sonam Gyatso, tới Mông Cổ thuyết giảng vào năm 1596, và một lần nữa vào năm 1578 trong thời kỳ phái Tsang nắm quyền. Sonam Gyatso tuyên bố rằng ông là kiếp luân hồi của Đại sư phái Sakya Drogön Chögyal Phagpa (1235–1280), người đã cải đạo cho Khả Hãn Hốt Tất Liệt [32]. Tuy không lập tức tạo nên một cuộc cải đạo lớn sang Phật giáo tại Mông Cổ (chỉ xảy ra vào những năm 1630), điều này có dẫn tới sự lan rộng của hệ tư tưởng Phật giáo tại các gia đình quý tộc Mông Cổ. Không dừng lại ở đó, cháu của Hãn Altan là Yonten Gyatso đã trở thành Dalai Lama thứ 4 [33] dù không phải là người Tạng. Ông qua đời vào năm 1616 khi mới hơn 20 tuổi, một số người cho rằng ông đã bị hạ độc nhưng không có chứng cứ xác thực cho giả thuyết này [34].

Sự trỗi dậy của tông phái Gelug

Dalai Lama thứ 5 Lobsang Gyatso (1617–1682) là vị Dalai Lama đầu tiên nắm giữ quyền lực tại Ü-Tsang, dưới danh nghĩa tôn phái Gelug, ông đã đánh bại các tôn phái đối địch Kagyu và Jonang, và cả người cai trị trần tục phái Tsang, sau một cuộc nội chiến kéo dài. Thành công có được một phần nhờ sự hỗ trợ từ Hãn Güshi của Hãn quốc Khoshut của tộc Oirat tại Mông Cổ [35].

Dưới quyền nhiếp chính của Sonam Rapten, một giáo đồ cuồng tín của tông phái Gelug, các tông phái khác đã bị đàn áp, nguồn từ phái Jonang ngày nay khẳng định rằng các tu viện Jonang khi ấy đã bị đóng cửa hoặc bị ép buộc chuyển đổi, tông phải đã phải duy trì trong bí mật cho đến tận cuối thế kỷ 20. Tuy nhiên, trước khi rời Ü-Tsang để tới Trung Hoa vào năm 1652, Dalai Lama đã lệnh cho Sonam Rapten bãi bỏ các chính sách được ban hành từ sau cuộc nội chiến 1642 [36]. Với việc Hãn Güshi không phải là một người mộ đạo và gần như không can dự, Dalai Lama thứ 5 và các đồng sự, đặc biệt là Sonam Rapten, đã thiết lập một bộ máy quản trị của người Tạng được các sử gia gọi là chính quyền Lhasa, hoặc chính quyền Ganden Phodrang [35].

Năm 1652, Dalai Lama thứ 5 triều kiến Hoàng đế Thuận Trị nhà Thanh. Ông không phải khấu đầu như người khác nhưng vẫn phải quỳ gối; sau đó ông được ban ấn tước [37]. Dalai Lama thứ 5 cũng đã tiến hành xây dựng và dời thủ phủ hành chính từ Drepung về cung điện Potala tại Lhasa.

Trong thời kỳ Dalai Lama thứ 5 cai trị, có hai giáo sĩ dòng Tên là Johannes Gruber người Đức và Albert Dorville người Bỉ, trên đường tới Goa thuộc Bồ Đào Nha tại Ấn Độ, đã trú lại tại Lhasa trong hai tháng 10 và 11 năm 1661 [38]. Họ đã mô tả Dalai Lama như là một "thủ lĩnh quyền lực và trắc ẩn" và đã "khiến Cha-Đức Chúa Trời như chết đi vì từ chối mến mộ người". Một giáo sĩ dòng Tên khác là Ippolito Desideri đã trú tại Lhasa trong 5 năm từ 1716 tới 1721. Là giáo sĩ đầu tiên thành thạo tiếng Tạng, ông thậm chí đã xuất bản vài cuốn sách Cơ Đốc giáo tại đây. Các Cha xứ dòng Capushin sau đó tiếp tục sự nghiệp truyền giáo cho đến khi tất cả các giáo sĩ bị trục xuất vào năm 1745.

Cuối thế kỷ 17, người Tạng xung đột với Bhutan, được ủng hộ bởi Ladakh. Điều này dẫn tới một cuộc xâm lược của người Tạng vào Ladakh. Kashmir sau đó giúp Ladakh khôi phục lãnh thổ với điều kiện phải vua Ladakh phải cải đạo sang Hồi giáo và xây một nhà thờ Hồi giáo tại Leh. Hiệp ước Temisgam năm 1684 đã giải quyết mâu thuẫn giữa người Tạng và Ladakh, nhưng sự độc lập của họ đã bị giới hạn rõ rệt.

Các Dalai Lama sau đó tiếp tục đóng vai trò là những nhà lãnh đạo của người Tạng cho tới tận năm 1959, dù là trên danh nghĩa hay thực tế nắm quyền. Dalai Lama thứ 14 hiện vẫn đang hoạt động với Chính phủ lưu vong Tây Tạng tại Ấn Độ cho tới nay.